分かれてしまう原因は、スキャン時のファイル分割設定
複合機やドキュメントスキャナには、読み取った原稿を1つのPDFにまとめて保存するか、ページごとに分けて保存するかを選ぶ設定があります。分ける側になっていると、原稿の枚数だけPDFができます。共用の複合機では前に使った人の設定がそのまま残っていることも多く、意図せずこの状態になります。
設定の名称と場所は機種によって異なるため、次回以降まとめて保存したい場合は、お使いの機種の取扱説明書でスキャン時のファイル形式・ファイル分割の項目をご確認ください。ただし設定を直しても、すでに分かれて保存されたファイルが後からまとまるわけではありません。取り込み直す手間を避けるなら、手元のファイルを結合するのが早い方法です。